郑和水师的官兵多来自福建. 福建莆田是妈祖林默的家乡, 妈祖自然也就成了官兵心目中的海神. 由于当时的南京还没有天妃庙, 郑和就在其帅船上供奉了一尊妈祖像. 舰队出海前, 郑和也要祭拜妈祖, 以保佑舰队完成使命, 平安归来. 郑和第一次下西洋平安归来之后, 立刻就请求明成祖在南京建立天妃宫, 以永久供奉妈祖. 永乐五年, 南京出现了第一座天妃庙, 即为纪念郑和第一次下西洋平安归来而建的龙江天妃庙. 永乐七年, 成祖又封天妃为"弘仁普济天妃", 在南京下关仪凤门外建"弘仁普济天妃之宫", 即今日重修的南京下关天妃宫.
郑和舰队第四次下西洋返航时, 不幸在南中国海遇上了强台风, 海浪滔天. 官兵们不断地念着天妃的名字, 请求海神保佑. 天妃感应如响, 红色闪光突然在船桅上出现, 好像天妃下凡, 暴风雨骤停, 舰队获救, 平安回到了南京. 成祖听到天妃挽救舰队的故事, 十分感动, 为了答谢天妃, 于永乐十四年亲自撰写弘仁普济天妃宫碑文, 并大规模重修天妃宫. 宫后也植有郑和自海外带回的娑罗和海棠树. 海棠花从此在南京风靡一时, 直到今日仍是市民最喜爱的花卉之一. 御制弘仁普济天妃宫之碑饱经风霜之后, 残存至今, 现存于静海寺. 但由于保存不佳, 这座唯一纪念郑和下西洋的御碑, 字迹已模糊, 十分可惜. 成祖又命在天妃宫附近另建一座建规模宏大的静海寺, 成为当时金陵八大寺(灵谷, 天界, 报恩, 栖霞, 鸡鸣, 静海, 能仁, 弘觉)之首.
天妃是东南沿海人民景仰的海上保护女神, 妈祖庙在中国南部到处可见. 而澳门也由当地的妈祖阁而得名. 妈祖信仰也随郑和舰队传入东南亚各国, 无论印尼, 泰国, 还是新加坡. 妈祖庙到处可见. 郑和在他的航海图上也将各地的妈祖庙清楚地标示出来.
